La práctica normal al realizar citas textuales es la de referenciar la página de la edición que uno está usando. Y así ha sido por un buen tiempo. En realidad, esto no constituye un sistema muy adecuado.
Primero en relación a los textos que tienen múltiples ediciones (¿a qué corresponde la página 200 de mi edición en otra edición?). En algunos textos de filosofía -al menos en mis ejemplares de la Crítica de la Razón Pura y La Ética de Spinoza- aparecen en los márgenes referencias a la paginación de la primera edición (y en el caso de la Crítica a las paginaciones de las dos primeras ediciones). En todo caso, no es algo estándar -y no lo he visto en múltiples textos que tienen diversas ediciones. El problema sigue, por lo tanto, en general existente.
Segundo en relación a los textos en ediciones digitales (no a archivos digitales, el PDF es usualmente lo mismo que la imprenta) que no necesariamente tienen paginación. En el caso de Amazon con Kindle hay varios textos que incluyen además paginación, pero ella no es necesariamente exacta (el punto donde cambia de página no es claro, lo que para propósitos de cita es problemático). Pero nuevamente, no todos los textos la tienen. Y finalmente, la referencia a la paginación es a una edición en particular, con lo cual volvemos, en el mejor de los casos, al problema mencionado en el párrafo anterior.
Quizás lo mejor, entonces, sea sencillamente volver al sistema que era (y es) común para referenciar textos clásicos: Dado que existen múltiples ediciones y traducciones, y dado que se escribieron antes de la imprenta, el uso de páginas resulta más bien inconducente. Para algunos casos existen sistemas específicos que estandarizan la referencia (Bekker en el caso de Aristóteles, Stephanus en el caso de Platón), pero muchas veces se tiende a usar la estructura del texto (libro, párrafo). Dado que la estructura es invariable a través de las distintas ediciones, todo el mundo -sin importar la edición- sabe a qué se está refiriendo.
Luego, y aunque sólo termine siendo un uso idiosincrático, ese es el sistema que usaré en adelante para todas mis citas (espero que lo acepten en la tesis de doctorado). Las únicas excepciones serán citas textuales a artículos de revistas -dado que ellas sólo tienen una edición finalmente. Y así me mando y ordeno.